Parapijos teritorija Kauno miesto teritorijos: Aleksotas, Yliškės, Linksmadvaris, Marva, Marvelė ir Žemoji Freda. Aleksoto Šv. Kazimiero parapija ribojasi su Kauno šv. Jokūbo ir Tabariškių parapijomis bei Kauno arkivyskupija.